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El 9 de octubre de 1896 Guayaquil sufre los embates de un fuerte incendio, por ello la Asamblea se traslada a Quito, donde se erige como la primera Asamblea Constituyente del periodo liberal, creando la décimo primera Constitución de la República en 1897 donde se produjeron innovaciones como:
Ø Derogación de la pena de muerte;
Ø Libertad de culto;
Ø Posibilidad de que todo habitante del Ecuador sea ciudadano;
Ø Completa separación del estado y la iglesia;
Ø Laicismo en la educación pública;
Ø Equilibrio entre los poderes del estado; y,
Ø Garantías individuales y políticas.
Como era de esperarse el caudillo1 de la Revolución fue electo Presidente para el periodo 1897 – 1901, Alfaro dio importancia a 4 aspectos en este periodo:
Ø Relaciones con la Iglesia;
Ø El ferrocarril;
Ø Obra Pública; y,
Ø Paz interna y externa.
Ø En junio de 1897 crea el Colegio Mejía.
Ø Trató de renegociar el Concordato, pero falló, especialmente porque se pasó la administración de los cementerios al Estado, estableció el Registro Civil como una Institución de información y control ciudadano, se firmó el contrato con Archer Harman para la terminación del ferrocarril de Guayaquil a Quito, tramo del cual ya se habían construido 70 kilómetros desde Durán.