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Se reconstruye la teoría fisiológica, tomando como punto de partida las experiencias inaugurales realizadas por Claude Bernard — su ejemplar paradigmático — mediante una versión modificada de la concepción estructuralista de teorías, que la caracteriza por sus ejemplares, no por sus modelos, como ocurre en la visión standard. Se mantiene la distinción estructuralista entre los elementos no teóricos y los teóricos, y se establecen las relaciones entre los distintos ejemplares de la fisiología y de éstos con otras teorías biomédicas. Posteriormente, como una consecuencia natural de la reconstrucción, se describen los mecanismosde la fisiología, una vía metateórica de análisis planteada por algunos filósofos especialmente interesados en las disciplinas biomédicas. Se muestra — luego de exponer esta posición — que se obtiene una mejor comprensión del conocimiento biomédico desde el análisis estructural de sus teorías, y que centrarse únicamente en la noción de mecanismo es innecesariamente limitante.
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