Respuestas
Si bien las aplicaciones son diferentes del sistema operativo, las mismas si requieren del primero para funcionar, en algunos casos existe el idóneo para ellas, por ejemplo el Ms-Office solo se puede ejecutar sobre Windows y Mac-Os. No existe un Ms-Office que corra de forma nativa sobre Linux.
Por el contrario, LibreOffice se encuentra disponible para correr sobre Linux, Mac-Os y Windows. Ello le permite una mayor plataforma de trabajo.
Los virus de computadoras son un caso especial, fueron desarrollados por alguien, ejecutan instrucciones y realizan procesos en determinado sistema. Lo anterior hace que requieran de un sistema operativo para el cual fueron desarrollados. Por ejemplo, un virus para Windows, solo se ejecutará y hará su "trabajo maligno" en este sistema, no en una computadora con Mac-Os o Linux.