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Durante los primeros años de su reinado, Zahir Shah dejó el gobierno en manos de sus tíos Mohammed Hashim y Shah Mahmud Ghazi, que ocuparon el cargo de primer ministro. En 1934, Afganistán entró en la Sociedad de Naciones. Con la llegada de la Segunda Guerra Mundial, Zahir Shah contribuyó en gran medida a la neutralidad de Afganistán, que continuó durante la Guerra Fría. En 1953, su cuñado y primo (también primo de su esposa), Mohammed Daud Khan se convirtió en primer ministro y desde ese momento comenzó a aislar a Zahir Shah para apartarle del gobierno del país. Pero, en 1963, el rey le depuso y asumió el gobierno para normalizar las relaciones con Pakistán. Estas eran muy tensas por el excesivo apoyo que el gobierno de Daud daba a los pashtunes de Pakistán, que querían crear un Estado independiente (Pashtunistán).
En 1964 Zahir Shah promulgó la primera Constitución del país. La Constitución convirtió a Afganistán en una democracia parlamentaria limitada. La familia real quedaba fuera de la mayoría de los puestos de la Administración, se celebrarían elecciones libres y se reconocían los derechos civiles. Además, se reconoció la igualdad de derechos entre hombres y mujeres, dando a las mujeres, por primera vez en la historia del país, el derecho al voto, al trabajo y a la educación. Entre las medidas para modernizar el país, destaca su labor para acabar con la purdah, que obliga a las mujeres a cubrirse totalmente en público mediante el uso de burkas o ropas similares. Para dar ejemplo, su esposa (y prima hermana), Humaira Begum, no usaba velo. Bajo su reinado, también se fundó la primera universidad, la Universidad de Kabul y se intentó mejorar las infraestructuras.