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La ninhidrina se utiliza en el campo de la bioquímica como un potente agente que permite observar las bandas de separación de los aminoácidos por medio de la cromatografía o la electroforesis.
En la rama médica también se emplea para obtener la determinación cuantitativa de los aminoácidos en orina, por medio del cual se pueden diagnosticar nefropatías, hepatopatías o enfermedades de tipo metabólico como es la fenilcetonuria.
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