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Buena pregunta, ya que a lo que en lenguaje común le solemos llamar "cristales" (los de las ventanas, por ejemplo) en realidad son vidrio. La diferencia fundamental es que el vidrio es un material procesado, es decir, un producto elaborado. No hay vidrio en la naturaleza: de la naturaleza extraes las materias primas, y después de un proceso de fabricación que sería un poco largo explicar, obtienes vidrio. Los cristales sin embargo sí los puedes encontrar en la naturaleza, hay multitud de minerales y compuestos que adoptan estructura cristalina, aunque he de decirte que no confundas "estructura cristalina" con "lámina plana y transparente que se pone en las ventanas" ya que esto no es cierto. Por ejemplo: un diamente es un cristal. Se distinguen muy bien cuando los rompes: mientras que los cristales se hacen añicos a cual más pequeño (recuerda los antiguos parabrisas de los coches, cuando les daban un tiro en las pelis), en el vidrio se abren una o varias grandes grietas, y si se llega a quebrar, quedan varios trozos en general grandes