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Por otra parte, dentro de la iglesia habían surgido ya movimientos de reforma que abogaban por una vida cristiana más conforme con el evangelio. En el siglo XIII surgieron las órdenes mendicantes con la notable figura de san Francisco de Asís. En los siglos XIV y XV destacaron como predicadores san Vicente Ferrer, san Bernardino de Siena y san Juan de Capistrano. Además, en el siglo XV se produjo una renovación de la piedad popular con un acentuado sentimentalismo en torno a los dolores de la pasión de Cristo.
Otros movimientos reformistas surgieron, asimismo, en abierta oposición a la jerarquía eclesiástica. Los valdenses (siglo XII), conocidos como "los pobres de Lyon" o "los pobres de Cristo", cuestionaron la autoridad eclesiástica, el purgatorio y las indulgencias. Los cátaros y albigenses (siglos XII y XIII) defendieron un ascetismo extremo y cayeron en el maniqueísmo, al considerarse a sí mismos como puros y perfectos. En el siglo XIV, en Inglaterra, John Wycliffe avanzó ideas que serían recogidas por el movimiento protestante: pertenencia del mundo a Dios, secularización de los bienes eclesiásticos, fortalecimiento del poder temporal del rey como vicario de Cristo y negación de la presencia corpórea de Cristo en la eucaristía. Las ideas de Wycliffe influyeron en el reformador checo Jan Hus y sus seguidores, los husitas y los taboritas (siglos XIV-XV) en el territorio de Bohemia.