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La cromatograf�a de capa fina es un procedimiento que se utiliza para separar mol�culas relativamente peque�as. En la biolog�a celular se utiliza frecuentemente para separar az�cares simples, l�pidos, amino�cidos, nucle�tidos, metabolitos, y ocacionalmente para separar cadenas cortas de polip�ptidos y �cidos nucleicos. Al igual que otras cromatograf�as, consiste de una fase estacionaria y una fase m�vil y el principio es el mismo: la sustancia de inter�s se adherir� a la fase estacionaria o se mover� con la fase m�vil, viajando una distancia que es inversamente proporcional a la afinidad por la fase estacionaria.
La fase estacionaria puede ser variada. Puede ser de papel, de celulosa o de un gel de silicato (vidrio molido bien fino) unido a una superficie s�lida (una placa de vidrio, aluminio, pl�stico o papel). Esta superficie s�lida puede ser r�gida o flexible. El tipo de fase estacionaria que se utilice en un experimento depender� del tipo de mol�culas que se quieran separar. Incluso vienen algunas placas con indicadores fluorescentes. La fase estacionaria consiste de un solvente que puede ser agua, un solvente org�nico o una mezcla de ambos.
El procedimiento es sencillo: Se colocan las muestras a un cent�metro del borde en uno de los extremos de la placa, se deja secar, se coloca la placa en un envase (tanque de desarrollo) que ya contiene una peque�a cantidad del solvente, se tapa y se deja correr por un rato. El solvente subir� por capilaridad e ir� arrastrando las mol�culas, las cuales se mover�n seg�n la afinidad que muestren por la fase estacionaria. Si la mezcla de muestras que se est� analizando presenta color, se ver�n los distintos colores migrando a distintas velocidades. Si son incoloras hay que someter la placa a alg�n tratamiento con una sustancia desarrolladora (developer) para poder determinar la presencia de sustancias sobre el silicato. El tipo de desarrollador depender� del tipo de mol�culas que se analizan.