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Existen muchas causas de diarrea. La causa más frecuente de diarrea aguda es la infecciosa, que puede ser producida por bacterias que viven en la comida o el agua, y por tanto adquirida por intoxicación alimentaria, aunque también pueden ser producidas por virus (es la denominada gastroenteritis vírica, de carácter leve y que desaparece espontáneamente en unos días) o por parásitos. Los virus son la causa más frecuente de diarrea en niños.
La diarrea secundaria o intoxicación alimentaria provoca síntomas entre 30 minutos y 6 horas tras la ingesta, siendo generalmente los alimentos relacionados con la misma (por tanto, potencialmente contaminados) la mahonesa, pastas y dulces de crema, o carne picada, sobre todo si no se conservan en el frigorífico. Por todo esto, es muy importante conocer si hay alguien más en la familia o el círculo de relaciones del paciente que tenga los mismos síntomas, así como saber si han comido algo que pueda ser responsable de los síntomas. Es frecuente la llamada diarrea del viajero que aparece en personas que han viajado a otros países.
Existen otras causas de diarrea además de las infecciones: efectos secundarios de algunas medicinas (quimioterapia, laxantes que contengan magnesio,…), diarreas tras tratamientos con antibióticos (incluso si el tratamiento fue realizado hasta 4-6 semanas antes), problemas de digestión de ciertos alimentos (intolerancia a la lactosa) y síndromes de malabsorción, enfermedad celíaca, enfermedades de otros órganos (por ejemplo, hipertiroidismo), cirugías previas y enfermedades digestivas de distinta gravedad como el síndrome de intestino irritable, la enfermedad inflamatoria intestinal y la insuficiencia pancreática, entre otra