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El departamento de Amazonas posee una gran biodiversidad debido a la variedad de ecosistemas existentes en su territorio. Mientras que al sur predominan grandes montañas y altiplanicies de clima frío, hacia el norte las temperaturas aumentan sensiblemente hasta llegar a la exoticidad de la selva alta. Con el clima, cambian la flora y la fauna. En las zonas de sierra la vegetación predominante es el ichu, con algunos retazos de bosques en los valles interandinos. Igualmente, las gramíneas y los bosques de algarrobos y cactus se encuentran con facilidad en la zona andina del departamento. En la selva hay gran variedad de especies animales y vegetales, muchas de las cuales son aún desconocidas por la ciencia, por ser poco exploradas estas regiones. La escasa penetración humana ha sido determinante para la preservación de estas especies. En la zona tropical crecen muchos árboles maderables como la caoba, el tornillo y el ishpingo, y plantas medicinales, en especial la uña de gato, que últimamente es utilizada en los más variados tratamientos. Los frutales, propios de un clima cálido, crecen en casi todas las provincias y hasta altitudes de 2 000 metros sobre el nivel del mar. La chonta, palmera de la que se obtiene el riquísimo palmito, es una de las plantas más explotadas, y su producto es exportado a diferentes partes del mundo.
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