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Según historiadores que defienden la historia de Espejo, le fue difícil abrirse paso dentro la sociedad colonial. Consiguió doctorarse en medicina en 1767 y poco después también en jurisprudencia y derecho canónico. Dentro la sociedad quiteña se convirtió en el eje de la vida cultural y propagador de ideas progresistas, con un considerable apoyo por parte de la aristocracia criolla. En 1779 publica su primera gran obra, El Nuevo Luciano de Quito1 una crítica fuerte a todos los problemas y deficiencias de la vida cultural en la Real Audiencia de Quito. Fue acusado de ser el autor de un texto que aplaudía el levantamiento de Túpac Amaru y Túpac Catarí. Su activismo cultural acabó enfrentándolo a las autoridades, que lo procesaron en la capital del virreinato, Bogotá, pero este hecho contribuyó a aumentar aún más su prestigio; ya que salió libre de todo cargo.2