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El gobierno chileno estableció el estado de sitio y dotó de facultades extraordinarias al Ejecutivo. En 1837 se promulgó la Ley de los Consejos de Guerra, tribunales que se regían por el código militar y cuyas sentencias no eran apelables.
A causa de estas medidas, la oposición acusó a Portales de autoritarismo. A través de la prensa se desató una campaña en contra suya y de la guerra. Finalmente, el ministro fue asesinado el 6 de junio de 1837, producto de una sublevación del regimiento de Quillota.
La guerra contra la Confederación terminó con la batalla de Yungay-al norte de Lima, en Perú-, donde las tropas dirigidas por el general Manuel Bulnesderrotaron a las fuerzas de Andrés Santa Cruz (20 de enero de 1839). El boliviano huyó a Lima y de ahí a Arequipa, y como tanto en Bolivia como en Perú se pronunciaron en su contra, se fue a Guayaquil, Ecuador.
Al llegar a Lima el general peruano Agustín Gamarra, enemigo de Santa Cruz, declaró terminada la guerra el 6 de marzo de 1839. La Confederación se había desintegrado.