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A principios del siglo XVI , la iglesia católica se encontraba en una profunda crisis debido a la difusión de las ideas humanistas en Europa. Mediante ellas, se denunciaban las riquezas de la Iglesia, los privilegios fiscales de las propiedades eclesiásticas, la forma de vida de muchos superiores religiosos y el abuso de la aplicación de las indulgencias, pues muchas autoridades eclesiásticas se dedicaban al estudio y relegaban las tareas espirituales a sus subordinados. Esta crisis favoreció la rápida extensión de la Reforma de Lutero, que configura dos Europas religiosas: una católica y otra protestante, ambas con el apoyo de sus monarcas.
La decisión de Carlos V de eliminar la libertad de culto provoca la protesta de seis príncipes germánicos y de catorce ciudades libres, libertad que quedó establecida el año 1526. De esta protesta procede el nombre de protestantes, que se ha dado a los partidarios de la Reforma.
Para hacer frente a la expansión de la Reforma, la iglesia católica inicia una Contrarreforma. El papa Pablo III animó a los sacerdotes católicos a que se dedicasen más a los deberes espirituales, y convoca una comisión para crear las bases de la reforma católica, tarea que fue continuada por el papa Pablo IV.
La Contrarreforma fue impulsada por el concilio de Trento (1545-1563), que fue convocado por Pablo III para asegurar la unidad de la fe y para mantener la disciplina en la Iglesia católica. Con este fin se renovaron los dogmas, se crearon los seminarios para la formación de los sacerdotes y se impulsá la catequesis.
Las rivalidades entre la Reforma y la Contrarreforma provocaron un gran número de guerras en Europa entre los años 1550 y 1648. Las más importantes tuvieron lugar en los principados germánicos, donde la influencia del luteranismo era notoria.