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La Alquimia árabe es tan misteriosa en sus orígenes como la griega. Durante los califatos de los Abasidas, desde 750 a 1258, floreció en Arabia una escuela de farmacia. El primer trabajo conocido de esta escuela es la obra que se difundió en Europa en su versión latina titulada "De alchemia traditio summae perfectionis in duos libros divisa", atribuido al científico y filósofo árabe Abú Musa al-Sufí, conocido en Occidente como Geber; este trabajo, que podemos considerar como el tratado más antiguo sobre Química propiamente dicha, es una recopilación de todo lo que se creía y se conocía por entonces. Algunos historiadores sugieren que la Alquimia árabe desciende de una escuela asiática occidental mientras que la Alquimia griega desciende de una escuela egipcia. Esta escuela asiática no es ni china ni india. Se puede afirmar que la Alquimia árabe estaba asociada con una ciudad específica en Siria, Harran, que, según parece, fue en la que se desarrollaron la mayor parte de los conocimientos alquímicos árabes. Los alquimistas árabes trabajaron con oro y mercurio, arsénico y azufre, sales y ácidos, y se familiarizaron con una amplia gama de lo que actualmente llamamos reactivos químicos. Ellos creían que los metales eran cuerpos compuestos, formados por mercurio y azufre en diferentes proporciones. El alquimista árabe más grande fue seguramente Ar Razí (850-923), un científico persa que vivía en Baghdad. Ar Razí clasificó a los materiales usados por los alquimistas en cuerpos (a los metales): piedras, vidrio, sales, etc. y espíritus: mercurio, azufre, amoníaco, etc. El real objetivo de estos alquimistas era el de producir oro por medio de reacciones catalíticas de ciertos elementos. Ar Razí escribió un libro sobre las aguas fuertes que según los estudiosos del tema no eran más que soluciones de sal corrosivas. Las escrituras de Ar Razí representan el apogeo de la Alquimia árabe. No se sabe si se dedicó a la medicina, que siguió siendo independiente, aunque hubo una tendencia árabe de dar mayor énfasis a los remedios minerales que a los provenientes de plantas, que fueron los remedios por excelencia en la cultura griega. Allá por el año 670 d.C., un alquimista sirio, Calínico, inventó según se cree el "fuego griego". Era una mezcla de cal viva, petróleo y azufre a la que se le atribuye la salvación de Constantinopla cuando los musulmanes le pusieron sitio por primera vez. Al entrar en contacto con el agua, la cal viva se encendía y el petróleo ardía en llamas. Muchos de los escritos árabes revelaban un carácter místico que contribuía poco al avance de la Química, pero otros intentaban explicar la transmutación en términos físicos. Los árabes basaban sus teorías de la materia en las ideas aristotélicas, pero su pensamiento tendía a ser más específico, sobre todo en lo referente a la composición de los metales. Ellos creían que los metales consistían en azufre y mercurio, no propiamente estas sustancias, que conocían muy bien, sino más bien el principio del mercurio, que confería la propiedad de fluidez a los metales, y el principio del azufre, que convertía en combustibles a las sustancias y corroía a los metales. Las reacciones químicas se explicaban en términos de cambios en las cantidades de esos principios dentro de las sustancias materiales.
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