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Un nuevo gobierno encabezado por Pedro Celestino Negrete, Guadalupe Victoria y Nicolás Bravo se encargó de lanzar la convocatoria al Congreso Constituyente, cuyos trabajos iniciaron el 7 de noviembre con 99 diputados. El federalismo y el centralismo eran las principales posturas políticas, defendidas por Miguel Ramos Arizpe y Lucas Alamán, respectivamente. La Constitución del 4 de octubre de 1824 consagraba el federalismo, la división de poderes, la religión católica, los fueros clericales y militares y las garantías individuales.
La primera elección presidencial fue disputada entre Victoria y Bravo, quienes fueron electos presidente y vicepresidente, respectivamente. En ese entonces la política se dividía en logias: la escocesa aristócrata, apoyada por Bravo, y la yorkina liberal, dirigida por el embajador estadounidense Joel Poinsett y Ramos Arizpe.
En 1827 se suscitó la conspiración del clérigo Joaquín Arenas, apoyado por Echávarri y Negrete, con el propósito de reconquistar México para los españoles. Este hecho provocó un fuerte sentimiento anti-español que desembocó en la expulsión de los peninsulares en diciembre de 1827. Los españoles se llevaron su dinero y provocaron una crisis económica sin par. Nicolás Bravo, jefe de la logia escocesa, se alzó en armas protestando por la medida, pero Guerrero, de tendencia yorkina, lo derrotó y el vicepresidente fue desterrado.
Sin embargo, Santa Anna no se presentó sino hasta el 16 de mayo y el vicepresidente Valentín Gómez Farías se hizo cargo del Ejecutivo. En este período se rodeó de liberales como José María Luis Mora, y dictó una serie de medidas como libertad de culto, supresión del diezmo, desamortización de bienes clericales y supresión de fueros militares.
Estuvo en los dos bandos, fue federalista y centralista, fungía como árbitro de la política.