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Desde entonces Bolívar y Santander empezaron a distanciarse. En ese momento la confederación estaba empobrecida por la guerra y conseguir los recursos para financiarla no era una tarea fácil. Pero para Bolívar representaba una gran dificultad mantener a sus hombres y no hallaba en Santander el apoyo que esperaba.
El historiador Oscar Melo, de la Universidad Nacional de Colombia, relata que el comandante de Venezuela, José Antonio Páez, y el de Ecuador, Juan José Flores, no veían con muy buenos ojos a Santander, un abogado que para los militares no tenía sus mismos méritos.
Las tensiones empezaron a hacerse más fuertes cuando el general Páez entró en conflicto con las autoridades civiles de Santander y quiso separarse de la Gran Colombia. Santander pidió a Bolívar que arbitrara la situación, quien, para su sorpresa, le dio la razón a Páez. Esto no fue bien recibido por Santander y sus partidarios.