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Su nombre, antes de convertirse en agustino, era Pedro García Farfán. Estudió medicina en las Universidades de Alcalá y Sevilla; se licenció en la segunda en 1552. Tras ejercer la profesión en su ciudad natal, se trasladó con su familia a Nueva España en el año 1557. Al parecer, residió primero en Oaxaca y Puebla, y después pasó a México, en cuya Universidad consiguió el grado de doctor (1567). Tras el fallecimiento de su esposa decidió convertirse en agustino (1569), para lo cual adoptó el nombre de Fray Agustín Farfán, con el que firmó sus obras. Una dispensa pontificia le permitió continuar la práctica de la medicina hasta su muerte. Asistió de forma intermitente a los claustros de la Universidad, a causa de sus estancias en otras localidades; en ellas tuvo un violento choque con el también médico Juan de Barrios. Aunque no ocupó ninguna cátedra, fue una personalidad prestigiosa en el mundo académico.
La primera versión de su obra, titulada Tratado breve de anothomia y chirugia, y de algunas enfermedades que mas comunmente suelen haver en esta Nueva España, fue impresa en la ciudad de México el año 1579. Es un volumen en cuarto de más de quinientas páginas y, lo mismo que el libro publicado un año antes por Alonso López de Hinojosos, está destinado a cirujanos romancistas, barberos sangradores y todos “los que estuvieran apartados de ciudades y pueblos grandes”. Los temas de los seis “tratados” que comprende son también muy parecidos a los de dicho libro: “anathomía”, “apostemas” o hinchazones, “tumores de la cabeza a los pies”, “llagas frescas o heridas”, “úlceras” junto a “quemaduras” y “bubas” (sífilis), y “algunas enfermedades que suele haver en esta tierra”. Sin embargo, la obra de Farfán no es una “summa” o resumen elemental como el de Hinojosos, sino un auténtico “tratado breve”, como dice su título. Su nivel no es el de un compendio meramente práctico, sino el de una síntesis que expone detalladamente los aspectos doctrinales, los cuadros clínicos y los procedimientos operatorios, aunque con una finalidad divulgadora adaptada a las circunstancias de la sociedad novohispana. Por otra parte, Farfán se atiene de modo muy estricto al galenismo arabizado de origen bajomedieval, en unos años en los que esta mentalidad había sido desplazada en la España metropolitana por las corrientes innovadoras renacentistas.