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Un organismo vivo es un milagro de armonía: sus componentes individuales tienen divididas las funciones entre ellos y, a la vez interaccionan entre sí de una forma compleja, pero precisa. Sin embargo, este conjunto de interacciones delicadas puede ser fácilmente alterado por agentes que amenazan su integridad como la existencia de parásitos, los daños a órganos y tejidos (heridas...) o la aparición de procesos tumorales. Para defenderse, los organismos han desarrollado una gran variedad de mecanismos, algunos tan visibles como: la huida del peligro, la lucha física o la ocultación, y otros, no tan obvios, que transcurren en su medio interno.
En estas reacciones de defensa hay tres fases: el reconocimiento, el procesamiento y la respuesta. En el reconocimiento media una interacción no-covalente entre dos moléculas, antígeno y receptor, y permite distinguir lo propio de lo extraño. En este sentido, un antígeno sería la unidad más pequeña de algún elemento extraño capaz de generar una reacción de defensa. Al reconocimiento sigue el procesamiento, que es la transmisión de la señal desde el receptor a otra molécula. Finalmente, durante la respuesta el organismo actúa para eliminar la amenaza. Este mecanismo puede tener lugar con la participación de células (inmunidad celular) y/o moléculas solubles (inmunidad humoral). Algunos participantes en la defensa son innatos, están presentes desde el nacimiento y no dependen de la presencia de antígenos. Otros son adquiridos y se encuentran en pequeñas cantidades antes de un estímulo antigénico.
El sistema del complemento forma parte de esta inmunidad innata y es uno de los sistemas de defensa más antiguos, habiéndose detectado su presencia en vertebrados como la lamprea y en algunos invertebrados. En mamíferos este sistema funciona como uno de los principales mecanismos de defensa y su principal misión es la eliminación de patógenos. Es también un arma de doble filo, pues su ausencia puede ocasionar una susceptibilidad importante a infecciones, pero su activación en exceso también puede resultar dañina. Pertenece a los sistemas de activación de los que disponen los vertebrados en la circulación sanguínea.