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La alteración y pérdida del equilibrio ecológico es la principal consecuencia de alterar cualquier ecosistema. Un ejemplo de ejemplo es la inclusión de especies animales o vegetales que no pertenecen a un determinado ecosistema, los cuales pueden causar estragos por afectar la biodiversidad y degradar el habitat, aumentando además el riesgo de extinciones de especies propias de dicho ecosistema y alteración en los niveles tróficos.
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