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Los Muiscas, al contrario de otros grupos precolombinos, representaron en diferentes animales a sus principales divinidades y situaron al hombre como centro de la naturaleza. El hombre representó la fuerza, el poder, la sabiduría y la prudencia; la mujer, la vida, la fertilidad y la organización. Eran cultivadores y consumidores de coca, tabaco y yopo. Dicho consumo tenía connotaciones religiosas. Los indios eran idólatras. Adoraban al Sol a quien llamaban Sue y a la Luna, Chía. Rendían también culto al agua, al arco iris. Su dios principal fue Chimininchagua, quien era el origen de todo y fue quien creó la luz, pues el mundo antes era oscuro. Chibchacum era el dios protector y si se le ofendía, se vengaba.
Celebraban sus fiestas con mucha solemnidad. Las procesiones eran muy concurridas. Los adoratorios más célebres fueron las lagunas de Guatavita, Siecha, Ubaque y Fúquene. En Sogamoso se encontraba el templo del Sol, el principal de los indios chibchas.
Los indios por lo general rendían culto a los muertos y como creían en la inmortalidad del alma los enterraban con alimentos, joyas, vestidos, etc. La muerte era concebida como el comienzo de un viaje que los conduciría a un mundo parecido al de ellos y en donde la vida sería fácil y difícil, de acuerdo con el comportamiento que hubieran tenido en esta vida.
La mayoría de los colombianos (94%) son creyentes, a pesar del creciente laicismo y la secularización. En cuanto a la filiación religiosa, la gran mayoría de los colombianos (70,9%) se consideran católicos. En segundo lugar se encuentran los seguidores del movimiento "cristiano evangélico", que incluye las diversas corrientes pentecostales y protestantes. En el tercer reglón se ubican ateos y agnósticos que define su relación con la religión con afirmaciones como: «creo en Dios pero no en la religión», «creo en Dios a mi manera» o «soy católico a mi manera».
Más que el declive de la religión, la secularización ha fomentado la recomposición de las fuerzas religiosas.
Otras comunidades religiosas como: cristianos, testigos de Jehová, mormones, sectas de origen budista y taoísta, musulmanes, judíos o religiones naturales, todos con una representación minoritaria.