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El Mundo de Sofía comienza presentando a su protagonista, Sofía Amundsen, una adolescente que se encuentra próxima a cumplir quince años. Sofía es descrita como una joven bastante curiosa, quien sufre decepciones a veces por no poder conversar con su madre sobre temas profundos, sin que ésta llegue a pensar que Sofía se encuentra bajo la influencia de alguna sustancia. Su padre siempre está ausente, puesto que trabaja en una petrolera. Sofía ha optado por refugiarse en su amor por los animales, manifestado en la cantidad de mascotas que tiene.
En medio de su soledad, Sofía descubre un día al volver a casa un sobre en su correo, que va dirigido a ella. Al abrirla encuentra una pequeña nota que le ofrece la pregunta: “¿quién eres?”. De esta manera se inaugurara el Curso de Filosofía a distancia, que se mantendrán durante gran parte de la trama, ofreciendo al lector la posibilidad de acompañar a Sofía a través de un viaje por la Historia del conocimiento humano o más específicamente de la Filosofía occidental.
De esta forma, Sofía viajará y aprenderá junto a su profesor de Filosofía, Alberto Knos y su fiel perro Hermes, sobre filósofos de la Naturaleza, como Tales de Mileto o Parmenides. También conocerá sobre Heráclito, Empedocles, Anaxagoras, Demócreito, Hipóscrates, Sócrates, Platón, Aristóteles, así como otras corrientes filosóficas como los Cínicos, los Estoicos, los Epicúreos, los Neoplatónicos, los misticistas. Así mismo, el curso de Filosofía abarcará el pensamiento indoeuropeo y semita, como forma de explicar el nacimiento de las tres grandes religiones: cristianismo, judaísmo y el Islam.
Este curso de Filosofía también abordará la Filosofía imperante durante la Edad Media, así como durante los momentos históricos posteriores: Renacimiento y Barroco, hasta abarcar también filósofos como Descartes, Spinoza, Locke, Hume, Bjerkely, Kant, Hegel, Kierkegaard, Marx, Darwin, Freud, así como corrientes un poco más contemporáneas como el pensamiento de Sartre, el Teatro del Absurdo e incluso de la Nueva Era.
En paralelo, El Mundo de Sofía también presentará una historia en paralelo, en donde Sofía trata de averiguar la verdadera identidad de Hilde Moller Knag, una adolescente quien también está próxima a cumplir quince años, para más sorpresa: el mismo día de Sofía. Esta joven es hija de un Mayor, de quien Sofía y su profesor tendrán que cuidarse. El día del cumpleaños de ambas jóvenes, Alberto llevará a Sofía hasta la casa de Hilde, en donde Sofía descubrirá que tanto ella como su profesor son personajes de un libro, escrito por el Mayor y padre de Hilde. Ahora han escapado de la Historia, llamada El Mundo de Sofía, y aguardan escondidos en el sótano.