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Las iglesias de todos los cultos son sociedades especiales creadas para la consecución de una determinada categoría de fines: los fines religiosos. Están fuera de su alcance todos los demás propósitos humanos, cuya competencia pertenece al Estado como instrumento de ordenación jurídica y política de la sociedad o a las corporaciones especiales que dentro de él operan al amparo de sus leyes.
El Estado es un grupo multi-vinculado. Su razón de ser está en la defensa y promoción de una multitud de valores. Sus miembros se hallan vinculados entre sí por múltiples lazos que se cruzan y entrecruzan. De esto, se colige que no puede haber más que un género de relaciones entre las iglesias de los diferentes cultos religiosos y el Estado: el de su absoluta sujeción jurídica a la supremacía estatal.
Las organizaciones eclesiásticas no pueden extralimitar el orden jurídico ni la autoridad estatales. Bien han existidos relaciones, en especial las que involucran a la Iglesia Católica y han sido tormentosas durante un largo trecho de la historia. La lucha por el poder entre el sacerdotium y el regnum ha inundado de sangre las sendas de la historia. Las relaciones han fluctuado entre el cesaropapismo de los emperadores que han tratado de dominar a la Iglesia y manipular su influencia en su beneficio político, y el confesionalismo impulsado por los desaforados apetitos de poder temporal del clero. Esto ha producido grandes y sangrientos choques entre la Iglesia y el Estado. Carlomagno, a comienzos del siglo IX, se proclamó Emperador elegido directamente por Dios, sin necesidad de la aprobación del Papa, y desafió el poder de la Iglesia. Nombró sus propios obispos y exigió a los fieles la obediencia al Emperador por encima de la autoridad pontificia. El ascenso al trono papal de Gregorio VII en 1073 llevó las cosas al otro extremo. Prohibió las investiduras laicas de los obispos y reclamó para la Iglesia la obediencia política de los fieles. No tardó en recibir la arremetida del Emperador Enrique IV que pretendió la deposición del jefe de la Iglesia. Este excomulgó al Emperador. Se planteó entonces la cuestión de las investiduras, que fue la lucha por el mando político entre el emperador y el papado.
Largamente prevaleció la vieja teoría de “las dos espadas”, expuesta por el Papa Gelasio I en el año 494 y confirmada más tarde por Bonifacio VIII, en la bula Unam Sanctam, en el sentido de que “en esta Iglesia y en su poder existen dos espadas: una espiritual y otra temporal”, la primera por el clero, la segunda por la mano de reyes y caballeros, pero según la dirección y condescendencia del clero.
El problema se complicó con el advenimiento de la Inquisición. Ellos desplegaron un trabajo tan intenso como fanático en la persecución de los llamados “delitos contra la fe”, que eran principalmente la herejía, la superstición y la apostasía.
La reforma protestante no solamente elaboró una nueva teología, sino que articuló una teoría política contraria a la que había mantenido la Iglesia Católica a lo largo de toda la Edad Media. La reforma protestante propugnó la separación entre lo temporal y lo espiritual, entre lo político y lo religioso, entre el Estado y la Iglesia, entre delito y pecado.
La teología de Martín Lutero (1483-1546) tuvo muy importantes implicaciones políticas. Opuesto tenazmente a las teorías tomistas sobre la sociedad, la ley, el poder y las formas de gobierno, Lutero impugnó las concepciones teocráticas del Estado. Su negación de la jurisdicción temporal de la Iglesia llevó a modificar las tradicionales relaciones de ésta con el poder estatal. El regnum y el sacerdotium se separaron. Al menos esa fue la idea de las mentes progresistas de ese tiempo. Propugnó la expropiación de los bienes de la Iglesia.
La Revolución Francesa completó este trabajo. Puso orden en esas relaciones, separó la Iglesia del Estado, habló de la soberanía popular, implantó el laicismo estatal, demarcó las competencias civiles y eclesiásticas y abogó por la invisibilidad política del clero.
Sin embargo, la Iglesia Católica no cedió ante las demandas del progreso. Todo lo contrario: se empecinó en volver las cosas hacia atrás y en anular las conquistas civilizadoras y libertarias de la Ilustración europea y el enciclopedismo francés, que se volvieron letra jurídica con la Revolución de Francia. La santa sede expidió bajo la inspiración del Papa Pío IX, el controvertido y polémico documento denominado Syllabus —Syllabus complectens praecipuos nostrae aetatis errores—, acompañado de la encíclica Quanta Cura, para condenar todo lo que ella consideraba "errores dogmáticos de la época moderna" impulsados por el avance de las ideas racionalistas y laicas que emergieron de la Revolución Francesa de 1789 —entre ellas: el racionalismo, la separación de la iglesia y el Estado, el laicismo, la tolerancia religiosa y todas las demás conquistas revolucionarias— y reimplantar, en cambio, los viejos y superados conceptos teocráticos.