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Tras la muerte de Atahualpa en Cajamarca los indígenas andinos se mantuvieron incomprensiblemente dóciles. Hubo que esperar el atrincheramiento de Manco Cápac para que la historia presenciase la primera revuelta inca. En un principio Manco había sido un importante aliado de Pizarro en la captura de Atahualpa, su medio hermano, luchando en su contra al sumarse al bando de los españoles; fue entonces nombrado emperador de los Incas ante la venia de Pizarro.
Entre 1533 y 1536 asumió tibiamente sus funciones aunque ningún miembro de la nobleza indígena profiriese el respeto que antaño tenían por el soberano. Manco, hijo de Huayna Cápac se vio envuelto en las riñas entre Pizarro y Almagro, y se le acusó de sublevar a los indios. Fue entonces apresado, primero en su palacio y luego en Sacsahuamán. Fue humillado por los guardias, quienes lo escupían y orinaban, y quienes además habían violado a sus mujeres en su presencia. Lleno de odio, planeó su fuga prometiendo oro, con bastante éxito puesto que logró refugiarse en el valle del Yucay.
Allí alzó a los indios, en su mayoría campesinos, y reunió un ejército que fuentes españolas aseguran era de cuarenta mil hombres. Se dirigió al Cuzco con todos ellos, a enfrentar a doscientos españoles; ya los habían visto sobre las laderas de las montañas aproximándose, pero Manco, fiel a las costumbres guerreras de su pueblo, esperó por la luna llena para iniciar el ataque. No dudaron en quemar todas las casas de Cuzco cazando a los españoles, a quienes trataron de acorralar en la plaza central.
Desesperados, los españoles, que contaban con caballos y arcabuces, lograron apoderarse de la fortaleza de Sacsahuamán. Allí se atrincheraron y resistieron los embates indígenas. Manco Cápac, que ya sabía que los caballos eran la principal fortaleza de los españoles, se había preparado de antemano armando con boleadoras a sus guerreros; los indígenas llegaron a capturar algunos caballos, y se dice que Manco montó uno de ellos lanza en mano. Pero quizás fue la táctica usada por el Inca rebelde la que causó su derrota; en vez de darles la estocada final a los españoles, sitió la fortaleza.
Lo insólito es que poco a poco los indígenas, que eran más campesinos que guerreros, se fueron retirando a sus campos de origen pues llegaba el tiempo de la siembra y no querían quedar sin cosecha. Entonces Manco cambió de esquema y se refugió en Ollantaytambo, de donde fue desalojado poco tiempo después. Se alejó un poco más y se estableció en Vitcos, antigua fortaleza militar en un lugar de difícil acceso. Fue la capital de la disidencia Inca por más de cuarenta años. El reducto estaba tan escondido que no fue redescubierto hasta 1908, cuando un senador norteamericano (Bingham) emprendió su búsqueda, encontrando a su paso las ruinas de MachuPichu.
Manco Capac hostigó a los españoles durante cuarenta años; restauró la soberanía del Inca, aunque con menos fastuosidad. Desde su reducto estaba enterado del acontecer de los españoles en Cuzco, pues enviaba constantemente fieles espías a investigar o incluso a adquirir armamento, probablemente intercambiado con comerciantes; destruía las cosechas de los propios indios del Cuzco con la esperanza de matar a los españoles de hambre; interceptaba los correos rompiendo los lazos de comunicación de la gente de Pizarro con Lima, que entonces no era más que un pequeño reducto; Pizarro tuvo entonces que fundar Ayacucho, entre las dos ciudades, para no perder la comunicación.
Pero la prolongada rebeldía de Manco Cápac y unos pocos nobles resignados a vivir sin tantos placeres fue infructuosa. Durante esos tiempos, Pizarristas y Almagristas seguían en sus batallas de poder; huyendo en dirección a Victos algunos de los hombres de Almagro, quien había asesinado a Francisco Pizarro, se encontraron con hombres de Manco, que en seguida los condujeron donde el emperador rebelde; Manco los acogió muy bien al saber que eran partidarios de Almagro, planeando desde ya su venganza contra la familia de Pizarro. Los españoles lo encontraron desprevenido y le dieron muerte, aunque ninguno de ellos logró salir con vida de la fortaleza.
Los nobles incas coronaron entonces a su hijo Sayri-Túpac como emperador, de diez años de edad; los españoles trataron por todos los medios de conquistarlo haciéndole ofrecimientos; cuando alcanzó la mayoría de edad accedió; fue recibido por el virrey y la nobleza inca que permanecía en Cuzco, resignada con la presencia de los españoles, y se le permitió vivir en cualquiera de los dos palacios asignados. Fue muerto en 1560, en el valle de Yucay, se supone que envenenado.
El imperio inca se inició por la empresa de Pizarro y Almagro, la cual fue oficialmente llamada "Armada del Levante" y que consigue tomar contacto a poco de haber finalizado la guerra civil por el trono incaico entre los dos hermanos Huáscar y Atahualpa. Que fueron hijos del inca Huayna Cápac, con las acciones del 16 de noviembre del año 1532.
La conquista por parte de los españoles hizo que los nativos sufrieran cambios en su forma de organización social, política y económica mediante la eliminación del (ayllu) por lo que los nativos pasaron a estar bajo el dominio español perdiendo la mayoría de sus derechos.
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