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Santa Rosa de Lima nació el 20 de abril de 1586 en la vecindad del hospital del Espíritu Santo de la ciudad de Lima, entonces capital del virreinato del Perú. Era hija de Gaspar Flores (un arcabucero de la guardia virreinal natural de San Juan de Puerto Rico) y de la limeña María de Oliva, que en el curso de su matrimonio dio a su marido otros doce hijos. Recibió bautismo en la parroquia de San Sebastián de Lima, siendo sus padrinos Hernando de Valdés y María Orozco.
En compañía de sus numerosos hermanos, la niña Rosa se trasladó al pueblo serrano de Quives (localidad andina de la cuenca del Chillón, cercana a Lima) cuando su padre asumió el empleo de administrador de un obraje donde se refinaba mineral de plata. Las biografías de Santa Rosa de Lima han retenido vivamente el hecho de que en Quives, que era doctrina de frailes mercedarios, la futura santa recibió en 1597 el sacramento de la confirmación de manos del arzobispo de Lima, Santo Toribio Alfonso de Mogrovejo, quien efectuaba una visita pastoral en la jurisdicción.
Aunque había sido bautizada como Isabel Flores de Oliva, en la confirmación recibió el nombre de Rosa, apelativo que sus familiares empleaban prácticamente desde su nacimiento por su belleza y por una visión que tuvo su madre, en la que el rostro de la niña se convirtió en una rosa. Santa Rosa asumiría definitivamente tal nombre más tarde, cuando entendió que era "rosa del jardín de Cristo" y adoptó la denominación religiosa de Rosa de Santa María.
Ocupándose de la "etapa oscura" en la biografía de Santa Rosa de Lima, que corresponde precisamente a sus años de infancia y primera adolescencia en Quives, Luis Millones ha procurado arrojar nueva luz mediante la interpretación de algunos sueños que recogen los biógrafos de la santa. Opina Millones que ésa pudo ser la etapa más importante para la formación de su personalidad, no obstante el hecho de que los autores han preferido hacer abstracción del entorno económico y de las experiencias culturales que condicionaron la vida de la familia Flores-Oliva en la sierra, en un asiento minero vinculado al meollo de la producción colonial. Probablemente esa vivencia (la visión cotidiana de los sufrimientos que padecían los trabajadores indios) pudo ser la que dio a Rosa la preocupación por remediar las enfermedades y miserias de quienes creerían luego en su virtud
Desde pequeña sintió una fuerte vocación religiosa, por lo que oraba y ayunaba con mucha frecuencia.
A los diez años se trasladó con su familia al pueblo de Quives (camino a Canta). Aquí recibió el sacramento de la confirmación de Santo Toribio de Mogrovejo. En Quives fue testigo del sufrimientos de los indígenas en las minas y obrajes que administraba su padre.
A los 15 años regresó a Lima. A los 20 se incorporó como Terciaria del Convento de Santo Domingo. Fue muy devota de Santa Catalina de Siena, y así como ella castigaba su cuerpo con rudos castigos y penitencias.
Trabajaba en su casa. Hilaba y bordaba haciendo cantos y alabanzas para Dios, la Virgen María y el Niño Jesús. También iba a los hospitales para atender a los pacientes.
Falleció en Lima el 24 de agosto de 1617, a la edad de 31 años. En 1671, el Papa Clemente X la canonizó como Santa Rosa de Santa María, Patrona de las Américas y las islas Filipinas.
La tumba de Santa Rosa de Lima se ubica en el convento de Santo Domingo, en el Centro Histórico de Lima.