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La Casa de Contratación de Sevilla se encargaba de regular el comercio con las Indias mientras que el Consejo de Indias era el órgano asesor del Rey en materia ejecutiva, legislativa y judicial de la administración indiana.
El sistema administrativo colonial español era extenso y complejo, al estar casi es su totalidad controlado por la corona española. Dos entidades importantes pero encargadas de dos ámbitos completamente distintos era la Casa de Contratación de Sevilla y el Consejo de Indias. La primera fue creada para controlar el comercio con las Indias, ya que al ser mercado reservado de Castillas no había posibilidad de comercializar con las colonias sin pasar primero por la Casa de Contratación, la cual cobraba el 20% en impuestos y solicitaba información para construcción cartográfica, del idioma, etnias y naturaleza. El segundo fue el órgano administrativo colonial más importante, ya que era la representación directa del Rey en las colonias, al asesorarlo en temas judiciales, legislativos y ejecutivos, además de tener la posibilidad de actuar en su nombre al colocar virreyes, gobernadores, elaborar las Reales Cédulas (leyes) y ser el más alto tribunal de América.