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Básicamente la diferencia es que el biodiesel se produce mediante un proceso químico denominado transesterificación aplicado a aceites animales o provenientes de semillas oleaginosas (girasol, colza, soja, etc). En contraposición, el bioetanol es un alcohol de origen vegetal que se obtiene a partir de la fermentación sustancias azucaradas y empleando cultivos ricos en azúcar como cereales y residuos vegetales.
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