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Vasco Núñez de Balboa nació hacia 1475 en la población extremeña de Jerez de los Caballeros, que por entonces se llamaba Jerez cerca de Badajoz y pertenecía a la Orden de Santiago.1
El apellido Balboa proviene del castillo de Balboa, cerca de Villafranca del Bierzo, en la actual provincia de León (España). Se cree que su padre fue el hidalgo Álvaro Núñez (o Martínez) de Balboa,2 pero sobre quién fue su madre no se sabe casi nada. Tuvo al menos tres hermanos: Gonzalo, de profesión escribano, Juan y Álvaro. Se conoce con certeza poco de su infancia, salvo que aprendió a leer y a escribir, contrariamente a otros conquistadores españoles,3 así como esgrima.4
Durante su adolescencia sirvió como paje y escudero de Pedro Portocarrero, VIII señor de Moguer, con el que vivió en el Castillo de Moguer, durante los preparativos y desarrollo del viaje descubridor.5 También residió en Córdoba y tuvo casa en Sevilla.6
Balboa no tuvo hijos, por lo que a su muerte sus bienes los heredaron sus hermanos. No se sabe qué sucedió con su compañera india. Su hermano mayor, Gonzalo, pleiteó por recuperar los bienes y la memoria de Vasco. Gonzalo y otros dos hermanos de Vasco, Juan y Álvaro, se enrolaron en la expedición al Mar del Sur capitaneada por Sebastián Caboto en 1526. Sin embargo Gonzalo y Álvaro murieron en el río de la Plata a manos de los indígenas mientras que Juan, con una pierna rota, se volvió a España.37
La mayoría de las cartas escritas por Vasco Núñez de Balboa desaparecieron, quizás por una operación deliberada de los descendientes de Pedrarias Dávila.38 Las actividades de Balboa fueron recogidas en las crónicas de Gonzalo Fernández de Oviedo, que coincidió con él durante un año en el Darién, y de fray Bartolomé de las Casas.
Ambos se basaron fundamentalmente en información aportada por el obispo Quevedo39 y dieron una versión de los hechos que realzaba a Balboa frente a Pedrarias, al que denigraron como envidioso, violento y codicioso.40 El recuerdo de Balboa cayó después en el olvido hasta que, a principios del siglo XIX, fue redescubierto por dos estudiosos: el español Manuel José Quintana, autor de la primera biografía de Balboa, y el estadounidense Washington Irving.41
En Panamá llevan actualmente el nombre de Vasco Núñez de Balboa parques y avenidas de la capital y existe un monumento que mira al Océano Pacífico dedicado a su toma de posesión del Mar del Sur. En su honor se bautizó como balboa la divisa panameña y su rostro aparece en el anverso de algunas monedas. Su nombre designa asimismo a uno de los principales puertos en el Canal de Panamá y al distrito administrativo que abarca el archipiélago de las Perlas, lugar que llegó a descubrir. La Orden de Vasco Núñez de Balboa, máxima condecoración otorgada por el gobierno panameño a personajes destacados y sobresalientes en el orden nacional e internacional, fue establecida el 28 de enero de 1933.42
En España, su nombre también aparece en una calle y una estación subterránea del metro de Madrid (estación de Núñez de Balboa) y calles de otras muchas ciudades españolas como Jaén, Sevilla, Salamanca, Barcelona o Valladolid.43 En Extremadura se fundó en 1952 una nueva población llamada Balboa y varias empresas llevan dicho nombre: Siderúrgica Balboa, Cementos Balboa y la proyectada refinería Balboa, que no llegó a construirse.44
En San Diego (California) se le dio su nombre al parque Balboa, el mayor de la ciudad.
El cráter lunar Balboa lleva este nombre en su honor.