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En esta obra Charles Darwin (1809-1882) propuso el mecanismo de la selección natural como explicación para el origen de las especies. Haciendo un paralelismo con la selección artificial realizada por el ser humano en plantas o ganado, Darwin creó el concepto de selección natural, en el cual la naturaleza selecciona a las poblaciones más aptas para la supervivencia en determinado ambiente y descarta a las menos aptas.
En las primeras ediciones, Darwin no empleó el término «evolution» («evolución»), sino expresiones como «descendencia común con modificación» o similares; solo desde la 5ª, y así aparece en la 6ª de 1876, la última corregida y revisada por él mismo, aparece el término «evolución». Por lo demás, en ningún momento centra su explicación en la especie humana.
En el Origen, Darwin ofrece varios argumentos contra la concepción morfológica de especie. Así, recurre al dimorfismo sexual y otros polimorfismos (la alternancia de las generaciones, de larvas frente a los adultos y de las diferentes formas de flores que existen en una serie de especies de plantas) para demostrar que el concepto morfológico de especie no tiene ningún sentido como base adecuada para la construcción de un lenguaje biológico.[6] Sin embargo, el concepto de especie defendido por Darwin continúa siendo una cuestión controvertida. Según Mayr, sus cuadernos de notas muestran que hacia 1837 había abandonado el concepto tipológico de especie, desarrollando un concepto biológico basado en el aislamiento reproductivo. Sin embargo, argumenta Mayr, quince años más tarde, a partir de sus estudios de variedades de plantas, abandonó el concepto biológico para volver a una definición entre tipológica y nominalista como la defendida en el Origen.