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Uno de los medios con que, especialmente Hernandarias, procuró lograr la incorporación de los indígenas, consistió en contar con la colaboración de una orden religiosa católica, la Compañía de Jesús — también conocida como Orden de los Jesuitas — quienes se encargaron de fundar establecimientos en que los indígenas asimilaran los hábitos de trabajo disciplinado, y rindieran el culto cristiano.
El trazado de los pueblos era similar entre sí: una plaza en el centro, a un lado la iglesia la casa de los sacerdotes, escuelas, talleres, depósitos, las casas de las viudas y huérfanos y, en los demás lados, las casas de los indígenas, de ladrillo o piedra, con techo de dos aguas que cubría las aceras.
El gobierno de cada reducción estaba a cargo de un corregidor indio, nombrado por el gobernador después de consultar a los misioneros, y un cabildo, formado de la misma manera que los de las ciudades españolas y compuesto también por indígenas. Estas autoridades no podían aplicar castigos sin consultar a los padres jesuitas. Los españoles no tenían ninguna participación en dicho gobierno; se trataba de evitar con esta medida los abusos que frecuentemente se cometían. Les estaba prohibido residir en las reducciones, pero podían ser alojados si estaban de paso. La justicia era ejercida por los misioneros que aplicaban, por lo general, castigos de azotes.
Los dos sacerdotes que estaban al frente de cada pueblo se encargaban del gobierno espiritual y la organización de la vida indígena. Las tareas diarias comenzaban y terminaban con oraciones y cantos. La base de la instrucción fue el catecismo. Las fiestas religiosas eran celebradas con particular entusiasmo y realce.