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Según un estudio, publicado en febrero de 2007 por Antonio Rodríguez Cuartero, del Departamento de Medicina Interna de la Universidad de Granada, Colón murió de un ataque al corazón causado por el síndrome de Reiter (también conocido como artritis reactiva). Según sus diarios personales y las notas de sus contemporáneos, los síntomas de esta enfermedad (quemazón al orinar, dolor e hinchazón de las rodillas, y conjuntivitis en los ojos) eran claramente visibles en sus últimos tres años.
Colón murió rico, gracias al oro que sus hombres habían acumulado en la Hispaniola. Cuando murió estaba todavía convencido de que sus viajes habían sido a lo largo de la costa oriental de Asia.
Sus restos fueron enterrados en Valladolid y luego en el monasterio de La Cartuja en Sevilla (sur de España), por la voluntad de su hijo Diego, que había sido gobernador de La Española. Luego, en 1542, sus restos fueron trasladados a Santo Domingo, en la parte oriental de La Española. En 1795, los franceses se hicieron cargo de La Española, y sus restos fueron trasladados a La Habana (Cuba). Después de que Cuba obtuvo su independencia tras la guerra Hispano-Americana en 1898, sus restos fueron trasladados a la Catedral de Sevilla, donde se colocaron en un elaborado catafalco. Sin embargo, en 1877 fue descubierta en Santo Domingo (República Dominicana) una caja de plomo con una inscripción que identificaba a "Don Cristóbal Colón" y contenía fragmentos de hueso y una bala.
Con el fin de comprobar si las reliquias trasladadas a La Habana eran falsas y los restos de Colón quedaron enterrados en la catedral de Santo Domingo, se tomaron muestras de ADN en Junio de 2003 (Historia del día de agosto de 2003). Los resultados no son concluyentes. Las observaciones iniciales sugirieron que los huesos no parecen pertenecer a alguien con el físico o la edad asociados a Colón. La extracción de ADN resultó difícil y sólo unos pocos fragmentos limitados de ADN mitocondrial pudieron ser aislados. Sin embargo, estos fragmentos parecen coincidir con el ADN del hermano de Colón, lo que apoya la idea de que los dos tenían la misma madre y que el cuerpo que yace en Santo Domingo, por tanto, podría ser de Colón. Las autoridades de Santo Domingo no han permitido que los restos se exhumen, por lo que se desconoce si alguno de esos restos podrían pertenecer al cuerpo de Colón. La ubicación de los restos en la República Dominicana es en el "Faro de Colón" de Santo Domingo.