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La oposición al uso de células madre embrionarias se debe ya que comparan la destrucción de un embrión al aborto, se cree que el embrión constituye la vida y ven como poco moral y falto de ética usar una vida para salvar otra.
Muchos grupos religiosos que son firmemente han condenado la investigación con células madre embrionarias y todas sus aplicaciones.
Los que apoyan la investigación con células madre embrionarias creen que un embrión no es equivalente a la vida humana porque no está dentro del vientre materno, también traen a colación que los costos sociales de muchas enfermedades y condiciones representan un gasto económico y un sufrimiento innecesario.
También sostienen que los embriones son restos de la fertilización in vitro y de otra manera serían destruidos, por lo que de esta manera no se desperdicia su uso.