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Nació en 1740 y heredó el cargo de cacique de Chinchero (su pueblo natal), Maras, Guayllabamba, Umasbamba y Sequecancha.
Al frente de milicias indígenas, persiguió a José Gabriel Condorcanqui (Túpac Amaru II) durante su rebelión de 1780 y 1781, contribuyó a la causa realista con pertrechos y hombres. Paralelamente, ganó prestigio entre la nobleza inca, siendo elegido Alférez Real de Indios Nobles del Cuzco en 1802.
También apoyó las campañas de "pacificación" posteriores a la derrota de los rebeldes indígenas. En reconocimiento por sus servicios obtuvo el rango de militar, llegando a ser coronel de infantería española; la historia lo reconoce como brigadier, grado equivalente al de general de brigada de la jerarquía vigente. En 1811, respaldó la campaña en el Alto Perú del brigadier Goyeneche. En 1813, siendo integrante de la Real Audiencia del Cusco, de la que había llegado a ser presidente interino en 1807, tuvo noticia de la Constitución liberal española de 1812 y de las muchas "Leyes de Indias" que no se aplicaban.
Pese a su avanzada edad —tenía entonces 72 años— se unió entonces a otros líderes indígenas descontentos y a criollosliberales demandando la vigencia de la Carta española de 1812. Junto con el criollo apurimeño José Angulo y dos oficiales del ejército, el coronel Domingo Luis Astete y el teniente coronel Juan Tomás Moscoso, formó en el Cusco, el 3 de agosto de 1814, una junta de gobierno según dicha Constitución y llamó al pueblo a ponerla en vigencia por las armas. Luego encabezó una expedición hacia Arequipa, que venció a los españoles en la Apacheta el 9 de noviembre e ingresó a la ciudad al día siguiente.
Ante la proximidad de las fuerzas realistas, Pumacahua dejó Arequipa el 30 de noviembre y buscó hacerse fuerte en Cusco y Puno. El 11 de marzo de 1815, en las inmediaciones de Umachiri (Puno), el ejército rebelde sufrió una aplastante derrota. Pumacahua fue apresado en Sicuani, donde se lo sentenció a morir decapitado, pena que se cumplió el 17 de marzo.
Los pronunciamientos y la carta al virrey José Fernando de Abascal y Sousa, Marqués de la Concordia (1806-1816), firmados por la junta de gobierno del Cusco en agosto de 1814, tienen el mérito de expresar un anhelo de soberanía basada en leyes libremente votadas.
Actualmente su legado quedó marcado en la memoria cusqueña.
La familia Pumacahua es ahora una familia de gran relevancia en Cusco siendo este uno de sus legados más importantes en la región. Su último descendiente es Enrique Pumacahua Moscoso, quien fue condecorado por la hazaña de su antepasado.