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Tras la independencia de Perú, San Martín creó una bandera para el nuevo estado independiente. Originalmente su diseño difiere del actual, se componía de cuatro triángulos rojos y blancos con el escudo en el centro.
Posteriormente en 1825, durante el gobierno de Simón Bolívar se cambió el diseño al actual. En el caso de la original, se tienen varias versiones de qué motivo a San Martín, se dice que se inspiró en un grupo de flamencos en la playa de Pisco para darle los colores a la insignia. Igualmente se tienen versiones de que, tiene los colores rojo y blanco porque San Martín tomó el rojo de la chilena y el blanco, de la argentina que eran países que había libertado y que parte del Ejército Libertador en el Perú estaba formado por hombres de estas naciones.
Sin embargo, no se tienen versiones oficiales, sólo teorías por parte de los historiadores.