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La aplicación de las reformas borbónicasincrementó la desazón y la inconformidad tuvo su estallido en la revolución de Túpac Amaru II, la cual terminó en la represión de aquella revuelta aunque permaneció latente el germen del descontento indígena. Se discute si éstos movimientos deben o no ser considerados como precedentes de la emancipación protagonizada por caudillos y pueblos del Perú y de otros países del continente americano.
Al producirse la invasión francesa a España, los reyes Carlos IV y su hijo Fernando VII renunciaron al trono de España en favor de Napoleón Bonaparte. El emperador francés, poco después, cedió la corona a su hermano José Bonaparte. Como consecuencia de la usurpación francesa y el levantamiento de España, en diversos puntos de la América española se crean juntas autónomas de gobierno que disputaban por la hegemonía sin pretender cambiar el orden colonial. Fue entonces que el virrey Abascal hizo del Ejército Real del Perú y del virreinato peruano la base de la contrarrevolución sobre el Alto Perú, Quito, Chile y Argentina. Las primeras rebeliones autónomas peruanas surgieron desde 1811 en este contexto de descontento indígena y colaboración criolla con la revolución rioplatense sin alcanzar la libertad del país.
En 1820, la Expedición Libertadora procedente de Chile desembarcó en el Perú bajo el mando del general José de San Martín. Éste proclamó en Lima la independencia del Estado peruano (1821) y bajo su Protectorado se formó el primer Congreso Constituyente del país. Pero San Martín se ve obligado a retirarse del Perú mientras el flamante estado sostiene una guerra contra los realistas de resultado incierto hasta 1824, año en que tuvieron lugar las campañas de Junín y Ayacucho bajo el mando del Libertador Simón Bolívar. La victoria de Ayacucho concluyó con la capitulación del ejército realista que puso fin al virreinato del Perú.
La independencia del Perú fue otro capítulo importante en las guerras de independencia hispanoamericanas. Finalmente en abril 1825 concluye la campaña de Sucre en el Alto Perú, y en noviembre de ése mismo año, México consigue la capitulación del bastión español de San Juan de Ulúa en América del norte, y por último, en enero de 1826, caen los reductos españoles del Callao y Chiloé en América del sur. España renuncia en 1836 a todos sus dominios continentales americanos.
En lo político se cortó la dependencia de España; en lo económico se mantuvo la dependencia de Europa y en lo social el despojo de tierras a indígenas se acentuó en la era republicana.4 El empleado doméstico indígena fue tratado de forma inhumana, incluso en las primeras décadas del siglo XX.5 El indígena consiguió la ciudadanía abierta del Perú en el mismo nacimiento de la república, el 27 de agosto de 1821.6 7Sin embargo, en pleno siglo XXI se sigue construyendo una sociedad genuinamente democrática, donde sea posible la plena garantía y el respeto de los derechos humanos.