Question

en que se basaban las diferencias entre conquistadores y misioneros

Answer 1

No es fácil establecer la diferencia. Pues a la vez se era descubridor, conquistador y misionero. 

Como ejemplo tienes a Bartolomé de las Casas. 

Answer 2

Se basa en que hacían, los conquistadores conquistaban en Nombre del Rey, mientras los misioneros evangelizaban y convertían a los indigenas