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Se distinguen seis cepas según su capacidad patógena, -también se les puede llamar virotipos-: Escherichia coli enteropatogénica (ECEP), enterotoxigénica (ECET), enteroinvasiva (ECEI), enterohemorrágica (ECEH), enteroagregativa (ECEA) y de adherencia difusa (ECAD).
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