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El Museo fue fundado en 1869. Antes de la construcción del complejo actual, el Museo se encontraba en el edificio Arsenal de Central Park. Theodore Roosevelt, Sr., el padre del 26° presidente de Estados Unidos, fue uno de los fundadores junto con John David Wolfe, William T. Blodgett, Robert L. Stuart, Andrew Haswell Green, Robert Colgate, Morris Ketchum Jesup, Benjamin H. Field, D. Jackson Steward, Richard M. Blatchford, J. Pierpont Morgan, Adrian Iselin, Moses Hicks Grinnell, Benjamin B. Sherman, Anson Dodge, William A. Haines, Charles Anderson Dana, Joseph Hodges Choate, Henry G. Stebbins, Henry Parish, y Howard Potter. La fundación del Museo realizó el sueño del naturalista Albert S. Bickmore. Bickmore, un estudiante del zoólogo de Harvard Louis Agassiz, presionó incansablemente durante años para el establecimiento de un museo de historia natural en Nueva York. Su propuesta, respaldada por poderosos patrocinadores, se ganó el apoyo del gobernador de Nueva York, John Thompson Hoffman, quien firmó un proyecto de ley creando oficialmente el Museo Americano de Historia Natural el 6 de abril de 1869.
En 1909, científicos del museo realizaron una reconstrucción de la quijada de un tiburón, pero los expertos modernos demostraron que era demasiado grande y que estaba basada en presunciones incorrectas.6