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El término mónera tiene una historia larga en la que ha cambiado de significado, aunque ajustado siempre a lo que señala su etimología, del griego μονήρης, moneres, simple, como referencia a los microorganismos más simples. El término fue usado inicialmente en esta forma por Ernst Haeckel en 1866. Haeckel fue el primero que intentó establecer una hipótesis filogenética de la diversidad biológica, ajustada a la entonces joven y triunfante teoría de la evolución. Dividió a los organismos en tres grandes ramas, Plantae, Animalia y Protista, reuniendo en esta última a las formas «primitivas» que no parecían mostrar un parentesco específico con las plantas y animales «superiores». Haeckel colocó a Moneres en el tronco de su árbol de la vida, dentro de los Protista, en los que distinguió una subrama donde se encontrarían las estirpes más simples, similares a las primeras formas vivientes, a la que llamó así, Moneres. Cuando examinamos su árbol vemos juntas en ese grupo a formas procariotas como Vibrio, una bacteria, y a otras eucariotas, como Vampirella, una ameba. A la vez encontramos procariontes como Nostoc, una cianobacteria, en la base del reino Plantae, agrupada en un taxón Archephyta con géneros como Ulva, Conferva o Desmidium, que son algas verdes, es decir eucarióticas. Así pues ni las Moneres de Haeckel contenían a todos los procariontes conocidos en la época, ni son procariontes todos sus miembros. Sin embargo Haeckel en su Die Lebenswunder (las maravillas de la vida) de 1904 corrige a Moneres, haciéndole incluir en él tanto a bacterias como a cianobacterias; de este modo hay que subrayar que Haeckel, tal como lo afirman muchos textos, sí usó Moneres para referirse a los procariontes (aunque aún no definidos como tales).
Cuando Chatton descubrió en los años 1920 que las bacterias carecen de núcleo celular, propuso los términos procariota y eucariota en el mismo sentido en que los usamos ahora, y empezó a parecer oportuno a algunos llamar Monera al conjunto de los procariontes. Eso hizo Barkley en 1939 creando un reino Monera dividido entre arqueófitos (Archeophyta), lo que ahora llamamos Cyanobacteria, y esquizófitos (Schizophyta), un término que fue muy usado por los botánicos para referirse a las bacterias.
Herbert Copeland dividió al conjunto de los organismos en cuatro reinos, contando además de Plantae y Animalia, Protoctista (recuperando un término de Hogg de 1866) para los eucariontes de organización simple, y Monera para los recién reconocidos procariontes. Robert Whittaker añadió un quinto reino, Fungi, en un esquema de cinco reinos que todavía domina en los libros de texto y en cursos generales de Biología, especialmente en su versión actualizada en los años 2000.
Sin embargo, el término ha desaparecido virtualmente de la literatura técnica taxonómica y tal vez lo haga también de la literatura popular. Carl Woese descubrió en los años 1970 que los procariontes encajaban en dos esquemas muy diferentes cuando se examinaban su estructura, composición y genética molecular, distinguiendo dos taxones, Archaea (llamado primero Archaebacteria) y Bacteria (llamado a veces Eubacteria), con la categoría nueva de dominio. Junto a ellos, los eucariontes forman un solo dominio (Eukarya), subdividido en cuatro reinos semejantes a los popularizados por Margulis (Protista, Animalia, Fungi, Plantae)