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La descomposición puede llevarse a cabo en presencia de oxigeno (aeróbica) o en su ausencia (anaeróbica). La primera es más completa y libera energía, dióxido de carbono y agua, es la de mayor rendimiento energético. Los procesos anaeróbicos son oxidaciones incompletas y liberan menor energía.
La biodegradación anaeróbica ocurre cuando los microbios anaeróbicos son dominantes sobre los microbios aeróbicos. Los residuos biodegradables en vertederos se degradan en ausencia de oxígeno mediante el proceso de digestión anaeróbica.
La biodegradación aeróbica es la descomposición de contaminantes orgánicos por microorganismos cuando hay oxígeno presente. Más específicamente, se refiere a ocurrir o vivir solo en presencia de oxígeno.
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