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La agricultura orgánica no certificada en los países en desarrollo es practicada por millones de indígenas, campesinos y pequeñas granjas familiares que producen para su subsistencia y para los mercados locales. Estos agricultores hacen una importante contribución a la seguridad alimentaria regional: en América Latina, representan más del 50 por ciento de la producción de maíz, frijoles, mandioca y patatas; en África, la mayor parte de los cereales, raíces y tubérculos; en Asia, el grueso del arroz. La mayoría de los agricultores disponen de poca tierra y capital o, como mucho, poseen pequeñas chacras de menos de 2 hectáreas ubicadas por lo general en áreas marginales (laderas, áreas secas o semiáridas).
Se estima que los niveles de pobreza aumentarán en regiones como África, por ejemplo, a menos que se corrijan las desviaciones institucionales y políticas y se modifiquen los mercados imperfectos que afectan a los pequeños agricultores. La tendencia de los gobiernos es crear programas diseñados para acercar la agricultura de las pequeñas granjas a la tecnología (de alto insumo) y a los cultivos de mayor valor especialmente para los mercados de exportación, con el supuesto que de esa manera se volverán más productivos y competitivos. Históricamente, este enfoque ha pasado por encima de los pequeños agricultores de escasos recursos mientras que las desigualdades que perpetúan la pobreza quedan intactas.
El desafío es promover los enfoques agroecológicos que aumentan la diversidad de producción de los cultivos alimentarios Para que esto se logre, es necesario nada menos que un cambio en los paradigmas del desarrollo agrícola: en particular, se deben expandir y promover los mercados locales y regionales, asegurar la tenencia de las tierras y abastecer de servicios básicos a las poblaciones rurales pobres.
Cada vez más agricultores toman conciencia de las oportunidades y ventajas que ofrecen los métodos agrícolas orgánicos; por lo tanto, se unen a las filas de los agricultores orgánicos no certificados. Esto les permite obtener normas de certificación menos caras y estrictas y mercados más flexibles, mientras que evitan los paquetes tecnológicos que dependen de la sustitución de insumos. Este movimiento no certificado está surgiendo aceleradamente en Brasil y se espera que se difundirá a toda América Latina. También se están volcando a la agroecología como base tecnológica para la producción una gran masa de gente y tierras relacionada con los movimientos sociales que luchan por los derechos a la tierra (esto es, MST en Brasil y Zapatistas en México). El propósito es desarrollar formas de certificación locales y autónomas que respondan mejor a las necesidades y demandas de los agricultores y consumidores de determinadas áreas. Esto es particularmente relevante si el objetivo es producir alimentos orgánicos para el consumo local y establecer sistemas sostenibles de abastecimiento alimentario. La mayor parte de la producción de alimentos orgánicos certificados en los países en desarrollo se destina a la exportación, que aporta escasos beneficios a los habitantes locales, especialmente los más pobres.