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Alejandría. En el año 391 d.C. Egipto se encontraba bajo el dominio del ya decadente Imperio Romano, mezclándose en las calles de la ciudad diferentes culturas y religiones, y donde destacaba como la filósofa más importante del momento, la también matemática y astrónomo Hipatia a cuyas clases acudían personas de diferentes lugares.
Es un momento de grandes debates entre cristianos y paganos, los cuales tenían su centro en el Serapero, donde se ubicaba la nueva biblioteca de Alejandría.
La pujanza del cristianismo y sus excesos hacen que las autoridades paganas se empiecen a plantear la necesidad de dar una lección a sus atrevimientos y violencia, por lo que deciden atacarlos haciendo que mueran muchos cristianos, que, tras la sorpresa se convierten en atacantes, siendo más numerosos y obligando a sus atacantes a refugiarse en la biblioteca donde son asediados.
Las autoridades romanas acuerdan perdonar a los paganos cuya salida permitirán, pero acordando a cambio que los cristianos puedan acceder a sus templos, que son destruidos, incluido el Serapeo y su biblioteca que es destruida.
Davo, esclavo de Hipatia, enamorado de ella, se une al nuevo poder emergente tras ser liberado por esta tras comprobar sus deseos hacia ella. Se convertirá en uno de los temibles parabolanos que vigilan la ortodoxia en el obrar y el vestir apoyados por el obispo Cirilo, dispuesto a acabar con los no católicos.
Los parabolanos, una vez apartados los paganos del poder hostigan a los judíos, provocando la reacción de estos que acaban con un grupo de parabolanos, lo que supondrá la expulsión de los judíos de la ciudad.
Llega entonces a la prefectura de Alejandría, tras convertirse al cristianismo, Orestes, antiguo alumno de Hipatia, de la que estuvo enamorado y a la cual pide consejo a menudo.
A través de su amigo, el obispo Sinesio de Cirene, también alumno de Hipatia, Orestes trata de someter a Cirilo a su autoridad. Pero será el obispo quien exija a Orestes acatamiento de la doctrina de la iglesia en toda su extensión, incluida la sumisión de las mujeres, por lo que le pide que acabe con la pagana Hipatia a lo que Orestes se niega, provocando la ira de los parabolanos, uno de los cuales, Amonio lo apedrea, lo que hace que sea ajusticiado, nombrándolo Cirilo mártir y santo.
Tratando de evitar más problemas Orestes y Sinesio de Cirene tratan de convencerla de que se bautice, a lo que ella se niega, pues en su ser está el dudar.
Hipatia vive al margen de temas espirituales, centrada y obsesionada con la resolución del tema del heliocentrismo, llegando a la conclusión de que la tierra podía moverse en forma de elipse lo que explicaría que, pese a moverse la tierra los objetos no se desplazaran.
Pero los amigos de Amonio deciden vengarse de Orestes atacando a Hipatia a la que llevan hasta la catedral, donde la desnudan con intención de lapidarla.
Antes de ello su antiguo esclavo Davo le evita el sufrimiento acabando con su vida haciendo creer a sus compañeros que se ha desmayado por el miedo.