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Los procariontes pueden tener un metabolismo aerobio (que requiere oxígeno) o anaerobio (que no necesita oxígeno), y algunos de ellos pueden cambiar de una modalidad a otra. Algunos procariontes tienen enzimas especiales y rutas que les permiten metabolizar compuestos que contienen nitrógeno o azufre.
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Según su respiración los procariontes pueden ser: Anaerobios, que utilizan la respiración anaerobia o la fermentación de sustancias orgánicas. ... Facultativos (llamados aerobios o anaerobios facultativos), que respiran O2, pero cuando se encuentran en un medio sin oxígeno usan la fermentación.
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