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Sophie y Josh Newman son dos hermanos de 15 años que durante el verano trabajan en San Francisco hasta que un día un misterioso hombre que se hace llamar John Dee el cual busca por una librería un antiguo libro llamado el codex ante la mirada de Nick y Perry Fleming, los propietarios del local. Pronto, Sophie y Josh descubren que Nick no es un vendedor cualquiera, sino el alquimista Nicolás Flamel, el cual sigue vivo gracias al elixir de la vida. Dee, empeñado en hacerse con el libro,ataca a los gemelos y a Nick Fleming con magia, pero Dee finalmente se lleva el libro, con excepción de dos páginas cruciales que Josh logró salvar. Por esto, sin el elixir (incluido entre las páginas del Códex), los Flamel podrían morir en un mes a lo sumo; por otro lado, Dee pretende traer de vuelta al mundo a los malvados Oscuros Inmemoriales y conquistarlo para después volver a la era en la que la humanidad era esclava.
Sin más demora, los gemelos Newman y los Flamel tratarán de recuperar el libro con la ayuda de Scathach: una guerrera antigua de la Última Generación de los Inmemoriales.
A lo largo del libro también se nos presentan otros personajes importantes. Todos los personajes de la saga a excepción de los mellizos Newman son ya sea personajes mitológicos o personajes históricos.