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Al principio se relata la felicidad y alegría del poblado, las bromas a Flojo -grande y fuerte- por su incapacidad de engendrar un hijo y el mal talante de su suegra por ello.
En medio de una cacería en el bosque tropical mesoamericano, Garra Jaguar, su padre Cielo Sílex y sus compañeros de tribu encuentran un grupo de refugiados abrumados. El líder del grupo explica que sus tierras fueron devastadas y que ahora buscan un nuevo comienzo. Después de intercambiar alimentos, los refugiados continúan su camino por el bosque con el permiso de los cazadores. Al regresar a la aldea, Cielo Sílex le dice a su hijo que los visitantes estaban infectados por el miedo, advirtiéndole que nunca debe dejar que la infección se propague en la tribu.
Al amanecer del siguiente día, la aldea es asaltada por un grupo de atacantes liderado por Lobo Cero, quienes incendian las chozas, asesinan a varios aldeanos, incluyendo a Cielo Sílex -este por Ojo Medio que está cerca de ser degollado a su vez por Garra Jaguar, al que llama, burlonamente, Casi-, y toman cautivos a los adultos sobrevivientes. La esposa embarazada de Garra Jaguar y su joven hijo logran escapar escondiéndose en una fosa profunda que sirve como depósito de agua pero quedan atrapados cuando Garra Jaguar es capturado. Los atacantes llevan a los prisioneros en una marcha forzosa a través de la jungla, para ser vendidos en la ciudad maya, dejando a los niños de la tribu desamparados en los remanentes de la aldea, aunque una adolescente de unos catorce años les grita a los cautivos que ella los cuidará.
En medio del viaje, Hoja Cacao ―un cautivo malherido― es asesinado por el sádico Ojo Medio, lo que provoca la ira de Lobo Cero, quien amenaza de muerte a su camarada si vuelve a matar a un prisionero sin permiso. Al acercarse a la ciudad maya de donde provienen los asaltantes, el grupo encuentra un bosque destruido y una tribu arrasada por una enfermedad desconocida. Una pequeña niña quien porta la enfermedad, profetiza la muerte de Lobo Cero y sus guerreros, así como el fin del mundo maya.
Al llegar a la ciudad las mujeres prisioneras son vendidas como esclavas mientras los hombres son llevados a la cima de una pirámide de escalones para ser sacrificados frente al rey maya y su reina.
Gracias a la llegada de un eclipse solar y las supersticiones mayas sobre este evento, Garra Jaguar y otros evaden la ejecución en la pirámide pero son llevados a las afueras de la ciudad para ser liquidados. Lobo Cero y sus hombres le ofrecen la libertad a los hombres cautivos si pueden sobrevivir una práctica de tiro con lanzas. Después de la muerte de unos prisioneros, Garra Jaguar es herido de gravedad pero logra matar a Roca Cortada, el hijo de Lobo Cero y escapa hacia la jungla.
Lobo Cero organiza a ocho camaradas para perseguir y matar a Garra Jaguar quien pese a estar herido posee la ventaja al haber vuelto a su bosque nativo, donde estaba con su pueblo. La mayoría de los perseguidores, incluyendo Ojo Medio y Lobo Cero van muriendo durante la persecución. La primera víctima lo es de una pantera negra que perseguía a Garra Jaguar. Los perseguidores sospechan mal presagio. Otro es asesinado por Lobo Cero al insinuar seguir a Garra Jaguar por tierra cuando este se arroja por una gran catarata. Así que todos se lanzan por ella; dos de ellos mueren al golpearse contra el fondo. En una ocasión les lanza un enjambre de abejas o avispas que no está claro si alguno muere por ello. Otro más a ser mordido por una serpiente, lo que aumenta su temor al mal presagio; otro por una espina envenenada con la secreción de una rana que Garra Jaguar le tira con un canuto hecho con una hoja. Lobo Cero es atravesado por varias estacas en una trampa que para grandes animales como la que al principio de la película se usó para cazar un tapir. Quedan solo dos perseguidores.
Una pesada lluvia empieza a caer amenazando con ahogar a la familia de Garra Jaguar, quienes aun permanecen atrapados en la fosa pese a varios intentos de escape. Siete da a luz a otro hijo, quien nace en medio de la creciente inundación. Mientras tanto, los dos cazadores persiguen a Garra Jaguar hasta la costa donde los tres presencian naves de colonizadores ancladas en la orilla de la playa y conquistadores acercándose en botes portando una cruz. Los dos perseguidores deciden quedarse, hipnotizados por la presencia de los europeos, mientras Garra Jaguar escapa, logrando regresar a tiempo para salvar a su familia del foso inundado.
Tiempo después, la familia observa las naves españolas desde la lejanía, Garra Jaguar decide no tomar el riesgo de acercarse a los conquistadores, diciéndole a su familia que deben adentrarse en la jungla, en busca de un nuevo comienzo.