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1) La anatomía:
Las especies comparten características físicas porque dichas características estaban presentes en un ancestro común (estructuras homólogas).
2) La biología molecular:
El ADN y el código genético reflejan la ascendencia compartida de la vida. La comparación de las secuencias de ADN puede mostrar qué tan emparentadas están las especies.
3) La biogeografía:
La distribución global de los organismos y las características únicas de las especies isleñas reflejan la evolución y el cambio geológico.
4) Los fósiles:
Los fósiles documentan la existencia de especies pasadas, extintas actualmente, pero emparentadas con las especies que vemos hoy en día.
5) La observación directa:
Podemos observar la evolución directamente a pequeña escala en los organismos con ciclos de vida cortos (como los insectos resistentes a pesticidas).