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Fue fundado el 30 de marzo de 1930 por Abel Cuenca, Miguel Mármol y Modesto Ramírez, entre otros, teniendo entre sus miembros más conocidos a Agustín Farabundo Martí. Desde sus inicios se adhirió al Socorro Rojo Internacional y a la Internacional Comunista (Komintern). En 1931 el gobierno del presidente Arturo Araujo otorgó personería jurídica al PCS, lo cual le permitiría participar en las elecciones legislativas y municipales de enero de 1932; paralelamente, sin embargo, trabajaba en la organización de campesinos e indígenas en el occidente salvadoreño, la zona cafetalera del país, donde el descontento era especialmente profundo. El 2 de diciembre de 1931 se produjo un golpe de estado por parte de suboficiales y clases del ejército, que en pocas horas entregarían el poder al general Maximiliano Hernández Martínez, vicepresidente y ministro de Defensa de Araujo.
En enero de 1932, mientras se producían las elecciones y el gobierno anulaba los resultados en los lugares donde participaba el PCS, éste apoyó e intentó dirigir el movimiento indígena y campesino en la zona occidental. Basado en datos obtenidos en los archivos del Partido Comunista de la Unión Soviética (PCUS) tras la caída del capítulo europeo del socialismo, el historiador Erik Ching asegura que el PCS explicó en cartas a la KOMINTERN que se intentó detener el movimiento insurreccional, pero que los ánimos de las masas estaban demasiado caldeados y los comunistas se vieron obligados a sumarse y fueron arrastrados por el furor popular.
Tras el fracaso y represión de la insurrección, Farabundo Martí, Mario Zapata, Alfonso Luna, Francisco Sánchez y otros dirigentes del partido fueron detenidos, y varios de ellos ejecutados por el gobierno de Hernández Martínez junto con líderes indígenas no comunistas, como Feliciano Ama. El PCS fue proscrito y perseguido por los distintos gobiernos militares que se sucedieron entre 1932 y 1979, aunque continuó su lucha clandestina a través de organizaciones sindicales y estudiantiles. Participó en varias elecciones presidenciales, municipales y legislativas mediante partidos legales, como el Partido de Acción Renovadora (PAR), en 1967, y a través de lo que se consideró su "frente abierto", la Unión Democrática Nacionalista (UDN), que le permitió participar en comicios entre 1970 y 1977, en alianza con el Movimiento Nacional Revolucionario y el Partido Demócrata Cristiano (El Salvador),a través de la alianza Unión Nacional Opositora (UNO).