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Los protistas pueden presentar diferentes formas de nutrición y pueden ser aerobios o anaerobios. Los protistas fotosintetizadores (fotoautótrofos) poseen cloroplastos; también los hay heterótrofos que se alimentan de materiales orgánicos, como otros organismos. Las amibas y algunos otras especies de protistas heterótrofos ingieren partículas por un proceso llamado fagocitosis, en el cual la membrana celular engulle una partícula de alimento y la lleva al interior de la célula; una vez dentro es separada formando un saco o vesícula, conocida como vacuola. Esta vacuola se fusiona con un lisosoma donde se degrada la partícula de alimento en pequeñas moléculas que se pueden difundir por el citoplasma y entonces utilizarse en el metabolismo celular. Los restos no digeridos se sacan de la célula por medio de un proceso llamado exocitosis.
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