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El sistema ideado y desarrollado por Linneo (1707-1778) supuso una importante mejora en la organización de la información disponible. Consistió en proponer una serie de reglas para asignar a todos los seres vivos conocidos una etiqueta de género y especie. Esta clasificación, cuya primera edición fue publicada en 1735, se llamó Sistema Naturae. Lógicamente, en ese momento, eran las propiedades morfológicas de los distintos seres vivos las que permitían asignar género y especie a un individuo concreto. Aunque no está exento de arbitrariedades, el trabajo realizado por Linneo simplificó enormemente la tarea de clasificar animales y plantas. En líneas generales, la estructura arborescente que desarrolló sigue vigente en nuestros días, a pesar de los cambios experimentados por la biología desde entonces.
Para Linneo las especies identificadas constituían grupos de seres bien diferenciados y sin ninguna relación de procedencia. El criterio de parentesco, como hemos indicado, era meramente morfológico. Esta perspectiva llamada fijista consideraba que cada una de las especies estaba creada tal y como era, y sus individuos no experimentaban cambios a lo largo del tiempo.
No obstante, la acumulación de datos proporcionados por los naturalistas, y los avances experimentados en su organización, propiciaron la adopción de otros enfoques bien diferentes al fijista. Pronto se fue abriendo paso la idea de que unas especies provenían de otras y que, por tanto, había que conseguir una clasificación que reflejara las afinidades entre los distintos seres vivos desde otras perspectivas: había que conseguir lo que se llamó una clasificación natural.
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