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Baker nació en Guisborough, hijo de John y Mary (nêe Gilbert) Baker y murió en Kew.
Fue educado en las escuelas cuáqueras de Ackworth School y Bootham School, York.
Luego trabajó en la biblioteca y herbario de Royal Botanic Gardens, Kew entre 1866 y 1899, y fue cuidador del herbario desde 1890 hasta 1899. Escribió manuales sobre muchos grupos de plantas, incluidas Amaryllidaceae, Bromeliaceae, Iridaceae, Liliaceae y helechos. Sus trabajos publicados incluyen Flora of Mauritius and the Seychelles (1877) y Handbook of the Irideae (1892).
Se casó con Hannah Unthank en 1860. Su hijo Edmund era uno de mellizos y su hermano gemelo murió antes de 1887. John G. Baker fue elegido miembro de la Royal Society en 1878. Recibió la medalla Veitch Memorial de la Royal Horticultural Society en 1907.
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