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Los patrones biogeográficos de laflora mexicana, tanto en número de especies como de endemismos y relaciones entre áreas, han sido explicados a la luz de 3 teorías: 1) la dispersalista, donde México se considera receptor de elementos de diferentes fuentes o áreas geográficas, sobre todo si se toma en cuenta que está ubicado en la zona de transición entre la regiones neártica y neotropical que, junto con los autóctonos, han constituido un complejo mosaico de especies con diferentes orígenes, tanto espaciales como temporales; 2) la teoría de la vicarianza, que propone que hay una estrecha correspondencia entre la historia de la Tierra y la historia de la biota, por lo que el número de especies y su distribución tendrían que explicarse esencialmente de acuerdo con la compleja historia geológica de México y 3) el efecto de las glaciaciones pleistocénicas, que mediante eventos ecológicos e históricos explica los patrones contemporáneos de la distribución, con base en los cambios paleoclimáticos del pasado reciente. El debate fundamental al interior de la biogeografía histórica ha recaído en la importancia que tiene como fuente de evidencia para la taxonomía y viceversa. La biogeografía histórica, aunque posee una estrecha relación con la sistemática, es una disciplina independiente dentro de la biología comparada, que puede operar paralelamente a esta última. La biogeografía está en un proceso de revolución conceptual que ha propiciado la revisión de sus fundamentos y métodos. La utilización de diferentes métodos de una manera integrativa en un mismo análisis permite maximizar las bondades de cada uno de ellos
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